Le Secrétariat général est l’aile administrative du Parlement chargé de fournir un appui technique et administratif au activités du Parlement. Il est dirigé par un Secrétaire général chargé de l’administration quotidienne du parlement. L’actuel Secrétaire général du parlement est John Azumah du Ghana.
Deux Directions appuient le bureau du Secrétaire général dans l’exécution efficace du mandat et des obligations du Secrétariat général. Il s’agit de la Direction des Affaires parlementaires et de la recherche sous la supervision de Bertin Somé du Burkina Faso et la Direction de l’Administration et des finances avec à sa tête la gambienne Anna Jagne.